ISCE开源软件Linux系统配置-小白从头到尾篇[0504修改，cuda=True]

win10/Ubuntu双系统安装参考链接安装Anaconda清华大学Anaconda镜像官网历史版本Anaconda镜像python和Anaconda的版本对应关系查询python版本安装Anaconda是否添加环境变量，yes打开一个新终端，检查是否安装成功不成功则执行sudo gedit ~/.bashrctxt末尾添加export PATH="/...

冰柚子

3023人浏览 · 2020-05-06 10:57:57

冰柚子 · 2020-05-06 10:57:57 发布

—————————20200509补充————————

1.import gdal报错问题

topsApp.py

报错:找不到libpoppler.so.71
解决:

sudo ln -s libpoppler.so libpoppler.so.71

继续运行:

topsApp.py

报错:

ImportError: /home/lll/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/osgeo/../../../libgdal.so.20: undefined symbol: _ZN9OutputDev18beginMarkedContentEPcP4Dict

解决:
后续发现，此错误与ISCE无关，在import gdal会报同样的错误，是gdal包的问题。

新建虚拟环境(不必须，了解到后，方便不同软件的切换，参考链接)

#创建虚拟环境
conda create -n isce_conda_env python=3.6
#激活虚拟环境
source activate isce_conda_env
#退出虚拟环境
#source deactivate isce_conda_env

重新配置python环境，参考正文4.1中依次install
2.1. opencv3

#查看版本
conda search -c menpo opencv3
#安装所需版本
conda install -c menpo opencv3=3.1.0=py36_0
#查看是否成功(gdal的前车之鉴)
python3
>>>import cv2

2.2. basemap
Anaconda查看、删除、增加channel

#清华镜像加入channel，速度有提升
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
#basemap是matplotlib的子包，直接安装一直solving environment没有反应，这样安装就可以了
conda install matplotlib
conda install basemap
#查看是否成功(gdal的前车之鉴)
python3
>>>from mpl_toolkits.basemap import Basemap

2.3. gdal

conda install gdal
python3
>>>import gdal

不再报错就是成功了，此处安装的gdal是3.0.4，之前安装的是2.2.2，不确定是否是版本的问题，不确定是否跟opencv，basemap，gdal的安装先后顺序有关系。
【注】修改cuda配置文件，参考正文4.2。

2.4. 其它包
【注】cython的软链接

2. mdx:not found 报错问题

处理数据完成后，可视化

mdx.py filt_topophase.flat.geo

报错: sh:1:mdx: not found
解决:

locate mdx
返回：/home/lll/isce2/install/isce/bin/mdx
#编辑路径
gedit ~/.bashrc
添加： export PATH=$ISCE_HOME/bin:$PATH

—————————以下是原文——————————

1.安装双系统

win10/Ubuntu双系统安装参考链接
 ubuntu镜像下载链接

2.安装Anaconda

安装Anaconda教程参考链接
 清华大学Anaconda镜像链接
 官网历史版本Anaconda镜像链接
 python和Anaconda的版本对应关系链接

isce2推荐python3.6，下载对应anaconda版本并安装
在这里插入图片描述

是否添加环境变量，yes👇

打开一个新终端，检查是否安装成功👇

若不成功则手动添加环境变量👇

sudo gedit ~/.bashrc
txt末尾添加    export PATH="/home/lll/anaconda3/bin:$PATH"
source ~/.bashrc

3.安装cuda和cudnn(启用gpu所需)

ubuntu18.04安装cuda9.0,cudnn7.6和tensorflow1.9 参考链接

4.ISCE环境配置

ISCE github地址
 ISCE InSAR处理软件环境配置参考链接

4.1. 配置Anaconda中的python环境

查看当前conda的包环境👇，生成的txt中有当前环境中已有的包及其版本

conda list -e > requirements.txt

官网的ISCE python环境要求👇
在这里插入图片描述

【方法1-亲测不能用】按照以下方法一起安装所需要的包时
解决环境冲突会选择安装py27的包，而且conda无法再调用。

将 requirements.txt 修改为上述内容

conda install --yes --file requirements.txt

【方法2】根据requirements.txt 筛选，将缺少的包逐一安装。

conda install gdal
			  git
			  fftw
			  basemap
			  scons
              opencv

Ensure that you create a link in the anaconda bin directory for cython3.
安装完成后在conda的bin目录下对cython3建立软链接.

sudo ln -s cython cython3

4.2. 配置cuda的nvcc.profile文件

NVCC CUDA编译流程参考链接
找到nvcc.profile并编辑

lll@lll-Lenovo-Legion-Y7000:~$ locate nvcc.profile
/etc/nvcc.profile
/usr/lib/nvidia-cuda-toolkit/bin/nvcc.profile
/usr/local/cuda-9.2/bin/nvcc.profile
lll@lll-Lenovo-Legion-Y7000:~$ sudo gedit /usr/local/cuda-9.2/bin/nvcc.profile

未编辑前👇


TOP              = $(_HERE_)/..

NVVMIR_LIBRARY_DIR = $(TOP)/nvvm/libdevice

LD_LIBRARY_PATH += $(TOP)/lib:

PATH            += $(TOP)/nvvm/bin:$(_HERE_):

INCLUDES        +=  "-I$(TOP)/$(_TARGET_DIR_)/include" $(_SPACE_)

LIBRARIES        =+ $(_SPACE_) "-L$(TOP)/$(_TARGET_DIR_)/lib$(_TARGET_SIZE_)/stubs" "-L$(TOP)/$(_TARGET_DIR_)/lib$(_TARGET_SIZE_)"

CUDAFE_FLAGS    +=
PTXAS_FLAGS     +=

将conda的include和lib目录添加到nvcc.profile中
否则编译中会报错：
在这里插入图片描述编辑后👇


TOP              = $(_HERE_)/..
HOME             = $(_HERE_)/../../../..

NVVMIR_LIBRARY_DIR = $(TOP)/nvvm/libdevice

LD_LIBRARY_PATH += $(HOME)/home/lll/anaconda3/lib:$(TOP)/lib64:

PATH            += $(TOP)/nvvm/bin:$(_HERE_):$(HOME)/home/lll/anaconda3/bin:$(HOME)/usr/local/sbin:$(HOME)/usr/local/bin:$(HOME)/usr/sbin:$(HOME)/usr/bin:/sbin:/bin:$(HOME)/usr/games:$(HOME)/usr/local/games:$(HOME)/snap/bin

INCLUDES        +=  "-I$(HOME)/home/lll/anaconda3/include" "-I$(TOP)/$(_TARGET_DIR_)/include"$(_SPACE_)

LIBRARIES        =+ $(_SPACE_) "-L$(TOP)/$(_TARGET_DIR_)/lib$(_TARGET_SIZE_)/stubs" "-L$(TOP)/$(_TARGET_DIR_)/lib$(_TARGET_SIZE_)"

CUDAFE_FLAGS    +=
PTXAS_FLAGS     +=

4.3.安装编译依赖环境

逐个安装，避免出错(ISCE InSAR处理软件环境配置参考链接)

apt install -y 
		gfortran 
		libmotif-dev 
		libhdf5-dev 
		libfftw3-dev 
		libgdal-dev 
		scons 
		python3 
		cython3 
		python3-scipy 
		python3-matplotlib 
		python3-h5py 
		python3-gdal 
		python3-pip 
		wget 
		curl 
		gdal-bin 
		libx11-dev
		libxt-dev

设置SCONS_CONFIG_DIR=下载的ISCE安装包路径

sudo gedit ~/.bashrc
在文档末尾添加  export SCONS_CONFIG_DIR=/home/lll/isce2
source gedit ~/.bashrc

官方说明👇
在这里插入图片描述在isce2/docker中找到SConfigISCE，复制到SConstruct同目录下txt，按照👆提示编辑内容
编辑结果👇 注意build目录和install目录都以isce结尾，否则import包和调用时会出现问题

# The directory in which ISCE will be built
PRJ_SCONS_BUILD = /home/lll/isce2/build/isce

# The directory into which ISCE will be installed
PRJ_SCONS_INSTALL = /home/lll/isce2/install/isce

# The location of libraries, such as libstdc++, libfftw3 (for most system
# it's /usr/lib and/or /usr/local/lib/ and/or /opt/local/lib) /usr/lib/x86_64-linux-gnu
LIBPATH = /usr/lib /home/lll/anaconda3/lib 

# The location of Python.h. If you have multiple installations of python
# make sure that it points to the right one /usr/include/hdf5/serial
CPPPATH = /home/lll/anaconda3/include/python3.6m /home/lll/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include /usr/include/gdal /home/lll/anaconda3/include

# The location of the fftw3.h (most likely something like /usr/include or
# /usr/local/include /opt/local/include
FORTRANPATH =  /usr/include 

# The location of your Fortran compiler. If not specified it will use the system one
FORTRAN = /usr/bin/gfortran

# The location of your C compiler. If not specified it will use the system one
CC = /usr/bin/gcc
#在这里找到X11，Xm，omp,fftw3 .h
# The location of your C++ compiler. If not specified it will use the system one
CXX = /usr/bin/g++


#libraries needed for mdx display utility
MOTIFLIBPATH = /usr/lib         # path to libXm.dylib
X11LIBPATH = /usr/lib           # path to libXt.dylib
MOTIFINCPATH = /usr/include     # path to location of the Xm
                                # directory with various include files (.h)
X11INCPATH = /usr/include       # path to location of the X11 directory
                                # with various include files
# list of paths to search for shared libraries when running programs
#RPATH =/usr/lib /home/lll/anaconda3/lib 

#Explicitly enable cuda if needed
ENABLE_CUDA = True
CUDA_TOOLKIT_PATH = /usr/local/cuda  #/usr/local/cuda

cd isce2
scons

如果编译报错，应该是配置文件路径问题，根据报错内容，利用以下命令进行查找包的位置和修改路径

locate 
find
whereis

3.4 添加环境变量
在这里插入图片描述

如果不小心改错了PATH，导致terminal无法使用命令

export PATH=/bin:/usr/bin
sudo gedit ~/.bashrc

就可以打开文件修改回来了

3.5 测试是否成功
在这里插入图片描述

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