一、题目理解

C 题的核心围绕 无创产前检测(NIPT),它利用孕妇外周血中的胎儿游离 DNA,判断胎儿性别和染色体异常。题目分成两部分:

  1. 男胎:通过 Y 染色体浓度来判定。若浓度 ≥4%,说明样本中有足够胎儿 DNA,可以准确判断。

    • 难点:Y 浓度随孕周上升、随 BMI 增大而下降 → 什么时候抽血才能“一次就达标”?
  2. 女胎:没有 Y 染色体,只能依赖 13/18/21 号染色体的 Z 值来判定是否有非整倍体。

    • 难点:Z 值方法简单,但漏检率高 → 如何设计一个召回率高、误报率可控的判定规则?

题目要求我们既要 建立统计学模型解释机理,又要 设计分组方案推荐检测时点,最后还要 提出判定规则


二、数据理解

总体来看,男胎数据具有“同一孕妇多次抽血、部分右删失”的特点,因此在建模时需考虑重复测量和删失问题;女胎数据则是“类别极度不平衡”(异常≈11%),所以在分类建模时必须使用加权或采样方法以保证召回率。同时,测序质量项可能会干扰判定,需在模型中作为协变量控制。

(1)男胎检测数据(1082 条记录,267 位孕妇)

  • 变量

    • 孕妇代码:同一孕妇会多次抽血检测。
    • 检测孕周:格式如“11w+6”,需要转化成连续周数 w=11+67w = 11 + \frac{6}{7}w=11+76
    • 孕妇BMI:体重/身高²,影响胎儿 DNA 浓度。
    • Y染色体浓度:关键变量,≥0.04 即达标。
    • 测序质量指标:在参考基因组上比对的比例被过滤掉读段数的比例GC含量 等。
  • 预处理

    • 对每位孕妇,找到第一次 Y 浓度≥4% 的孕周 → 记为 最早达标孕周 T
    • 如果从头到尾都没达标 → 记为缺失。

(2)女胎检测数据(605 条记录)

  • 变量

    • 13号/18号/21号染色体的Z值:若 |Z| ≥ 3,则提示异常。
    • X染色体Z值:辅助变量。
    • 染色体的非整倍体:标签(阳性 67 例,约占 11%)。
    • 体格与质量指标:BMI年龄身高体重GC含量 等。
  • 预处理

    • 非整倍体 非空记为 1,否则为 0,得到标签列。
    • 输入特征 = Z 值 + 质量项。

(3)数据整体理解

身份/时间/体格

  • B 孕妇代码(个体ID);I 检测时间;J 检测抽血次数;K 孕周(周+天/7);C 孕妇年龄;D 身高(cm);E 体重(kg);L 孕妇BMI(题面已给,若缺可以体重/身高²计算,身高单位需转 m)。
  • F 末次月经时间(只用于核对孕周合理性);G IVF妊娠方式(可做分层/协变量)。

测序规模与质量

  • L 原始读段数;O 唯一比对读段数;M 在参考基因组上比对的比例;N 重复读段比例;AA 被过滤比例;P GC含量(整体);
  • X/Y/Z 13/18/21号染色体GC含量(分染色体 GC)。

男胎关键信号

  • U X染色体的Z值(男胎也有,但信息量次级);V Y染色体浓度(游离DNA中 Y 片段占比,男胎关键指标);W X染色体浓度(可用于质量/性别一致性校验)。

女胎关键信号

  • Q/R/S 13/18/21号染色体的Z值;T X染色体Z值;AB 染色体的非整倍体(标签,空=阴性,T13/T18/T21=阳性)。

结局与辅助

  • AC 怀孕次数;AD 生产次数;AE 婴儿是否健康(出生后结局,只能用于事后验证,不能在临床前置判定里泄漏)。

(4)数据清洗

时间标准化

  • 把 “11w+611\mathrm{w}+611w+6” 解析为 11+6/7=11.85711 + 6/7 = 11.85711+6/7=11.857 周,生成连续变量 www
  • 检测时间 排序,同一 孕妇代码 可能多次抽血(重复测量)。

男胎“事件时间”抽取**

  • 设阈值 τ=0.04\tau=0.04τ=0.04(4%),构造二值标签 S=1[ V≥τ ]S= \mathbb{1}[\,V \ge \tau\,]S=1[Vτ]

  • 对每名孕妇取:

    T  =  min⁡{ w: V(w)≥τ }(若不存在,记为右删失) T \;=\; \min\{\,w:\ V(w)\ge \tau\,\}\quad(\text{若不存在,记为右删失}) T=min{w: V(w)τ}(若不存在,记为右删失)

    这就是“最早达标孕周”。

质量门限

  • 先做守门:若 M 比对比例<0.75 或 AA 被过滤比例>0.04 或 P GC∉[0.40,0.60],标记为“可疑批次”;这些记录用于分析但在单次临床判读时要谨慎(Q2/Q3 推荐时点加 0.5–1 周缓冲)。
  • 统一缺失处理:数值缺失用同孕妇中位数全体分组中位数填补;分类变量用“未知”类。

训练/验证切分**

  • 必须按孕妇ID分层切分(例如 8:2),杜绝同一孕妇进入不同集合导致信息泄露。

三、模型思路与公式

1. 问题一:Y 浓度与孕周、BMI 的关系* **

Q1 机理解释(男胎)****:建立 YYY 染色体浓度与孕周 www**、BMI 的定量关系;回答“为什么越晚越容易达标、为什么 BMI 高要更晚”。

目标:解释方向与效应量,给出显著性可解释图(偏效/分布)

  • 因为同一孕妇多次抽血 → 随机截距(必要时随机斜率),吸收个体差异。

  • 响应 (Y 浓度是 (0,1) 的比例型变量) → 做 logit 变换p=V∈(0,1)p=V \in(0,1)p=V(0,1)logit 变换:

    y=logit⁡(p)=ln⁡p1−p y=\operatorname{logit}(p)=\ln\frac{p}{1-p} y=logit(p)=ln1pp

  • 固定效应(主效):孕周 www、BMI;可增添平滑项 s(w)s(w)s(w) 检查非线性:

    y=β0+β1w+β2BMI+uID+ε或y=β0+s(w)+β2BMI+uID+ε y=\beta_0+\beta_1 w+\beta_2 \text{BMI}+u_{\text{ID}}+\varepsilon \quad\text{或}\quad y=\beta_0+s(w)+\beta_2\text{BMI}+u_{\text{ID}}+\varepsilon y=β0+β1w+β2BMI+uID+εy=β0+s(w)+β2BMI+uID+ε

  • 解释exp⁡(β1)\exp(\beta_1)exp(β1) 是每增加 1 周达到更高 ppp相对胜算比exp⁡(β2)\exp(\beta_2)exp(β2) 是 BMI 每+1 的胜算比。

需要输出

  • 系数、95%CI、p 值;
  • 偏效曲线wwwppp 的影响(把 BMI 固定在分位数);
  • 残差诊断:检查在阈值区间附近的波动(提醒 Q2/Q3 加缓冲)。

若 GAMM/LMM 在你环境难以稳定拟合,可先用 OLS(+聚类稳健方差,聚类=ID) 近似固定效应,论文里交代“个体相关性已用聚类稳健校正”。

小结:本部分模型通过 logit 转换保证了比例型数据的可线性化,混合效应框架又吸收了孕妇个体差异。这样得到的结果既能量化孕周和 BMI 的作用方向,也能作为后续分组与预测的理论依据。

2. 问题二:BMI 分组与最佳检测时点

  • Q2 分组策略(男胎):仅用 BMI 给出“一次到位成功率 ≥90%\ge 90\%90%最早检测周数”。

  • 定义

    • 最早达标孕周:TiT_iTi

    • 在孕周 ttt 检测,一次成功率:

      P(成功)=Pr⁡(Ti≤t) P(\text{成功}) = \Pr(T_i \le t) P(成功)=Pr(Tit)

分组方法

  • 回归树找切点(CART-Regression):以 TTT 为目标、以 BMI 为自变量,约束 min_samples_leaf≥30max_leaf_nodes=4,自动给出 3 个分割点 → 4 组(如 ≤30, (30,32], (32,35.5], >35.5)
  • 或者 分位回归(Quantile Regression):直接拟合 Q0.90(T∣BMI)=α0+α1BMIQ_{0.90}(T\mid\text{BMI})=\alpha_0+\alpha_1\text{BMI}Q0.90(TBMI)=α0+α1BMI,再把连续函数分段常数化(等频分组或最优断点)。
  • 在每组内,算 TTT 的 90% 分位数(保证 90% 孕妇一次检测就成功)。
  • 结果形式:给出每个 BMI 组对应的最佳检测周数。

时点计算与策略函数

  • 在每组 ggg 内计算经验分布 Fg(t)=Pr⁡(T≤t)F_g(t)=\Pr(T\le t)Fg(t)=Pr(Tt),取

    tg⋆=min⁡{t: Fg(t)≥0.90} t_g^\star=\min\{t:\ F_g(t)\ge 0.90\} tg=min{t: Fg(t)0.90}

  • 临床化处理:对 tg⋆t_g^\startg 四舍五入到 0.5 周;若样本质量“可疑批次”,统一**+0.5 周缓冲**;若追求更稳(减少复测),改用 0.95 分位。

**小结:**通过 BMI 分组计算 90% 分位数,能够在不同 BMI 水平下给出“至少 90% 孕妇一次成功”的最早检测时点。这种分组方案不仅简洁直观,而且便于临床推广应用,为后续的个性化推荐提供基线参考。

3. 问题三:多因素个性化推荐

  • Q3 个性化推荐(男胎):在 BMI 基础上引入年龄/身高/体重/测序质量(比对比例、被过滤比例、GC、重复率、唯一比对读段数等),输出更早但可靠的时点。

方法一:事件时间模型(推荐)

  • 定义离散时间风险:

    h(t∣x)=Pr⁡(T=t∣T≥t,x) h(t\mid \boldsymbol{x})=\Pr(T=t\mid T\ge t,\boldsymbol{x}) h(tx)=Pr(T=tTt,x)

  • 离散时间logistic/comploglog回归建模 log⁡h1−h=γt+β⊤x\log\frac{h}{1-h}=\gamma_t+\boldsymbol{\beta}^\top\boldsymbol{x}log1hh=γt+βx

  • h^\hat hh^ 得到累计成功率 S(t)=Pr⁡(T≤t∣x)S(t)=\Pr(T\le t\mid \boldsymbol{x})S(t)=Pr(Ttx),再取

    t⋆(x)=min⁡{t: S(t)≥0.90}. t^\star(\boldsymbol{x})=\min\{t:\ S(t)\ge 0.90\}. t(x)=min{t: S(t)0.90}.

  • 优点:自然处理“右删失”(从未达标者)、时间网格清晰、可解释。

方法二:直接回归(比较容易):

  • 输入特征:BMI + 年龄 + 身高 + 体重 + 测序质量项。

  • 方法:梯度提升回归(GBR),预测每个孕妇的 T^\hat{T}T^

  • 策略:在预测结果里取分位数,得到“成功率≥90%”的个性化检测时点。

  • 公式形式

    T^=f(BMI,年龄,身高,体重,GC,比对率,…) \hat{T} = f(\text{BMI}, \text{年龄}, \text{身高}, \text{体重}, \text{GC}, \text{比对率}, \ldots) T^=f(BMI,年龄,身高,体重,GC,比对率,)

约束型“最优时点”

  • 形式化为:

    min⁡t  ts.t.Pr⁡(T≤t∣x)≥q,  q∈{0.90,0.95}. \min_{t} \; t \quad \text{s.t.}\quad \Pr(T\le t\mid \boldsymbol{x})\ge q,\ \ q\in\{0.90,0.95\}. tmints.t.Pr(Ttx)q,  q{0.90,0.95}.

  • 工程化:给出基准 q=0.90q=0.90q=0.90,若质量项落入“可疑批次”,使用 q=0.95q=0.95q=0.95+0.5∼1.0+0.5\sim 1.0+0.51.0 周缓冲。


  • 输出特征重要度(GBR 的 Gini/Permutation),解释“被过滤比例↑ → 达标更晚”、“比对比例↑ → 更早”。
  • 给出个体化雷达图/瀑布图(可选),帮助临床理解为什么该人应提早/延后。

**小结:**相比单一 BMI 分组,多因素模型能够识别“质量好、可提前”的孕妇和“质量差、需延后”的孕妇,从而提高整体检测效率。这样不仅能降低复测率,也能使推荐时点更加个性化和动态化。

4. 问题四:女胎异常判定

  • Q4 异常判定(女胎):用 Z 值 + 质量项构建高召回可解释的判定器,并给出落地规则

依据附录 Z 定义 Z=(X−μ)/σZ=(X-\mu)/\sigmaZ=(Xμ)/σ,单用“∣Z∣≥3|Z|\ge 3Z3高特异、低召回。我们用“模型概率 + 规则阈值”。

基础模型(加权逻辑回归 / 轻量树模型)

  • 标签 Y∈{0,1}Y\in\{0,1\}Y{0,1} 来自 AB(空=0,T13/T18/T21=1)。
  • 特征:{Z13,Z18,Z21,ZX,M,AA,P,N,O,BMI,年龄,身高,体重}\{Z_{13},Z_{18},Z_{21},Z_X, M,AA,P,N,O, \text{BMI},\text{年龄},\text{身高},\text{体重}\}{Z13,Z18,Z21,ZX,M,AA,P,N,O,BMI,年龄,身高,体重}
  • 类别不平衡:class_weight="balanced";同时报告 PR-AUCRecall@高阈值

二级判定规则(落地可讲的流程图)

  1. 硬阈值直判:若 任一 ∣Z∣≥3|Z|\ge 3Z3异常/转诊

  2. 概率阈值筛查:计算模型概率 sss

    • s≥0.25s\ge 0.25s0.25任一 ∣Z∣∈[2.5,3)|Z|\in[2.5,3)Z[2.5,3)质量项合格 ⇒ 高度可疑(建议确证性检查);
    • s≥0.25s\ge 0.25s0.25质量项不合格 ⇒ 复核/重测(先排除技术干扰);
  3. 其余 ⇒ 无异常(随访)。


校准与分层

  • ROC/PR 曲线,在 s≥0.25s\ge 0.25s0.25 点标注 recall/precision;
  • M 比对比例AA 被过滤比例 分层画 PR 曲线,说明质量越好,模型越稳

**小结:**二级判定规则兼顾了“高召回”和“低漏检”的目标。硬阈值确保了极端异常不会漏检,概率阈值与质量项结合则提升了敏感性。最终结果是一个兼具可解释性和临床可操作性的判定框架。

四/评估指标与可视化(论文/视频必备)

男胎

  • Q1:系数森林图(β\betaβ 与 95%CI)、偏效曲线 w→pw\to pwp
  • Q2:四个 BMI 组的箱线图/小提琴图(标注 90% 分位红线与推荐周数)。
  • Q3:T^\hat TT^ vs 实际 TTT 散点(对角线)、MAE 表;分层曲线展示质量项影响。

女胎

  • ROC/PR 曲线、混淆矩阵(按二级规则阈值);
  • 逻辑回归系数条形图(正负方向易解释)。

**小结:**通过回归系数图、分组箱线图、ROC/PR 曲线等多种可视化方式,可以从不同角度验证模型的有效性与稳健性。这些图既是论文的重要支撑材料,也能帮助非专业读者快速理解模型的核心结论。

小结

综上,C 题的核心目标是通过对男胎和女胎两类数据的分析,分别回答“何时检测最稳妥”和“如何高效识别异常”。具体任务可以概括为:①用统计模型解释孕周和 BMI 对 Y 浓度的影响;②以 BMI 分组给出一次成功的最早检测时点;③结合多因素构建个性化推荐;④基于 Z 值和测序质量提出女胎异常判定方法。

具体更多思路和代码,推荐使用下方AI网站,不要去买代码思路。
在这里插入图片描述

Logo

助力广东及东莞地区开发者,代码托管、在线学习与竞赛、技术交流与分享、资源共享、职业发展,成为松山湖开发者首选的工作与学习平台

更多推荐